《来自红花坂》故事发生在昭和38年（1963年），也就是东京奥林匹克前夕。当时的日本正处在变革时期，旧的事物慢慢被淘汰，新生事物源源不断地出现。由于父亲出海后下落不明，忙于工作的母亲也无暇照顾家庭，正在读中学的主人公松崎海要肩负起照顾弟弟妹妹的重任。每天早晨，松崎海面朝大海，为过往的船只升起信号旗，衷心祈愿平安航行。某日，松崎海卷入了新闻部风间俊与学生会主席水沼史郎之间的骚乱，从此生活开始变得不再平凡……