5岁的宗介在山崖下岩石遍布的海滩上玩耍时，捡到了一个被海浪冲上岸的玻璃瓶，里面有条受困的小金鱼——波妞。宗介救出波妞并把她带回了自己家，两人因此成为了好朋友。但是波妞的父亲——魔法师藤本，逼着波妞跟他回到海里。回家后的波妞，十分思念宗介，于是她做出了一个大胆的决定——要变成人类，和宗介在一起。决意离家出走的波妞却因此造成了极大的灾难……