故事主角包括经典反派人物虎克船长和海盗史密共同演绎大家印象中的坏海盗，而才智兼备的小海盗首领杰克将成为新主角，他常常遭遇虎克船长的威胁，为了确保秘密基地的安全，同时顺利完成各种海盗任务，他必须靠着一群充满热情和勇气的儿童海盗队员琦琦、阿比以及鹦鹉史卡利的通力合作，才能惊险度过每一次难关。